Autosomal SNP typing of forensic samples with the GenPlex™ HID System: results of a collaborative study

摘要

GenPlex™HID系统（Applied Biosystems-AB）可以输入52个SNPforID SNP和amelogenin中的48个。先前的研究表明，使用高质量的250-500pg DNA的GenPlex™HID系统具有很高的重现性。 14个实验室（欧洲的9个实验室和美国的5个实验室）进行了国际演习，以测试GenPlex™HID系统在法医样品上的坚固性和可靠性。使用不同数量的DNA，一式两份分析了3个具有部分降解的DNA的样品和10个具有少量DNA的样品。为了比较GenPlex™HID系统与最常用的STR试剂盒的性能，实验室使用一种或多种STR试剂盒对来自三个样品的500pg部分降解的DNA进行了分型。 500pg部分降解的DNA的中位SNP分型成功率为92.3％。 14个实验室中有3个占了辍学人数的三分之二以上。 DNA降解500pg时，结果差异的中位数为0.2％。当使用较少量的DNA时，观察到基因座脱落的百分比增加和结果不一致。对于各种SNP，观察到不同的成功率。 rs763869 SNP最不成功。除了MiniFiler™套件（AB）之外，GenPlex™HID的性能优于其他五个经过测试的STR套件。分析部分降解的DNA时，GenPlex™HID的平均马赫数概率非常低，而除MiniFiler™之外的所有STR试剂盒的鉴别力都很有限。